জগন্নাথ বিশ্ববিদ্যালয় প্রতিষ্ঠিত হওয়ার পর শিক্ষার্থীদের কোন আবাসিক হল ছিল না। জগন্নাথ বিশ্ববিদ্যালয় এর শিক্ষার্থীদের কয়েক দফা প্রবল আন্দোলনের মুখে তৎকালীন উপাচার্য অধ্যাপক ড. মীজানুর রহমান শিক্ষার্থীদের আবাসিক হল করে দেবার প্রতিশ্রুতি দেন। সেই প্রক্ষিতে ২০১৩ সালের ডিসেম্বর মাসে বাংলাদেশ গণপ্রজাতন্ত্রী সরকারের মাননীয় শিক্ষামন্ত্রী জনাব নুরুল ইসলাম নাহিদ, এম. পি. বুড়িগঙ্গা নদীর অতি নিকটে জগন্নাথ বিশ্ববিদ্যালয় এর প্রথম ছাত্রী হল বেগম ফজিলাতুন্নেছা মুজিব হলের ভিত্তি প্রস্তর স্থাপন করেন। ২০১৪ সালের ২০ অক্টোবর ৯ম বিশ্ববিদ্যালয় দিবসে ছাত্রী হলের নির্মান কাজের শুভ সূচনা করেন বাংলাদেশ বিশ্ববিদ্যালয় গ্রান্ডস কমিশনের চেয়ারম্যান (প্রতিমন্ত্রী) অধ্যাপক ড. এ. কে. আজাদ চৌধুরী। দীর্ঘ পথ পরিক্রমায় ১৬ তলা বিল্ডিং টি আলোর মুখ দেখেতে পায় ২০২০ সালে। ২০ অক্টোবর ২০২০ মঙ্গলবার সকাল নয় ঘটিকায় বহুল প্রতিক্ষিত ছাত্রী হল বেগম ফজিলাতুন্নেছা মুজিব হলের শুভ উদ্বোধন করেন জগন্নাথ বিশ্ববিদ্যালয় এর তৎকালীন উপাচার্য অধ্যাপক ড. মীজানুর রহমান। এ সময়ে উপস্থিত ছিলেন বিশ্ববিদ্যালয়ের ট্রেজারার অধ্যাপক ড. কামাল উদ্দিন আহমদ, বিভিন্ন অনুষদের ডিনবৃন্দ, বিভাগীয় চেয়ারম্যানবৃন্দ, ইনস্টিটিউটের পরিচালকবৃন্দ, এবং বেগম ফজিলাতুন্নেছা হলের প্রথম প্রভোস্ট অধ্যাপক ড. এস. এম. আনোয়ারা বেগম, রেজিস্ট্রার, বিভিন্ন দপ্তরের পরিচালকবৃন্দ, শিক্ষক, শিক্ষার্থী, কর্মকর্তা, কর্মচারী প্রমূখ। ২০২০ সালে বিশ্বব্যাপী করোনা অতিমারীর কারণে হলের পরবর্তী কার্যাবলী বিঘ্নিত হয়। যার ফলে হলে ছাত্রীদের উঠানো সম্ভব হয় নি। ২০২১ সালে প্রভোস্ট অধ্যাপক ড. এস. এম. আনোয়ারা বেগম এর দায়িত্বকালীন মেয়াদ (০১/০১/২০১৯-০৩/০৩/২০২১) উত্তীর্ণ হবার পর ৪ মার্চ ২০২১ সালে অনুজীব বিজ্ঞান বিভাগের অধ্যাপক ড. শামীমা বেগম, পরবর্তী দুবছরের জন্য হল প্রভোস্ট হিসেবে দায়িত্বপ্রাপ্ত হন। একই দিনে হলের একমাত্র আবাসিক শিক্ষক হিসেবে অধ্যাপক ড. প্রতীভা রানী কর্মকার পরবর্তী দুবছরের জন্য দায়িত্বপ্রাপ্ত হন। অধ্যাপক ড. শামীমা বেগম এর সময়কালে প্রথম এক বছর হল গুছানোর কাজে ব্যয় হয়। শিক্ষা অধিদপ্তর থেকে হল বুঝে নেয়া থেকে শুরু করে হলের নীতিমালা তৈরি করা, ক্যান্টিন ক্যাটারার নিয়োগ দেয়া ছাড়াও লিফট, পানির পাম্প, জেনারেটর বুঝে নেয়া ইত্যাদি। বেগম ফজিলাতুন্নেছা মুজিব হল সম্পুর্ন বসবাসের উপযোগী হবার পর ১ অক্টোবর ২০২১ সালে হলে আবাসিক ছাত্রী হওয়ার জন্য অন লাইনে আবেদন এর শভ উদ্বোধন করেন বিশ্ববিদ্যালয়ের উপাচার্য (রুটিন দায়িত্বপ্রাপ্ত) ও ট্রেজারার অধ্যাপক ড. কামাল উদ্দিন আহমদ। এসময়ে উপস্থিত ছিলেন হলের প্রভোস্ট অধ্যাপক ড. শামীমা বেগম, রেজিস্ট্রার প্রকৌশলী মোঃ অহিদিজ্জামান, আই সি টি সেল এর পরিচালক অধ্যাপক ড. উজ্জ্বল কুমার আচার্য্য । প্রায় ২৮০০ ছাত্রীর আবেদনের পর হলে মোট ১২৬৮ জন ছাত্রী আবাসন পায়। ২০২২ সালের ১৩ ফেব্রুয়ারি হলে নতুন ১৪ জন আবাসিক শিক্ষক দায়িত্বপ্রাপ্ত হন। ১৬ মার্চ ২০২২ সালে দ্বারোদঘাটন অনুষ্ঠানের মাধ্যমে হলের দ্বার উন্মোচনের শুভ সূচনা হয়। অনুষ্ঠানের প্রধান অতিথী হিসেবে ভার্চুয়ালি উপস্থিত ছিলেন বাংলাদেশ গণপ্রজাতন্ত্রী সরকারের মাননীয় শিক্ষামন্ত্রী ড. দীপু মনি, এম. পি. বিশেষ অতিথী হিসেবে উপস্থিত ছিলেন জগন্নাথ বিশ্ববিদ্যালয়ের মাননীয় উপাচার্য অধ্যাপক ড. মোঃ ইমদাদুল হক এবং বিশ্ববিদ্যালয়ের মাননীয় ট্রেজারার অধ্যাপক ড. কামাল উদ্দিন আহমদ, অনুষ্ঠানের সভাপতিত্ব করেন হলের প্রভোস্ট অধ্যাপক ড. শামীমা বেগম । শিক্ষক সমিতির সম্মানিত সভাপতি ও সাধারণ সম্পাদক, শিক্ষকবৃন্দ ও ছাত্রীবৃন্দ উপস্থিত ছিলেন। ১৭ মার্চ ২০২২ সালে হাজার বছরের শ্রেষ্ঠ বাঙ্গালী জাতির পিতা বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমান এর শুভ জন্মদিনে ছাত্রীরা হল আই ডি কার্ড দিয়ে ডিজিটাল এন্ট্রির মাধ্যমে হলে প্রবেশ শুরু করে। হলে ছাত্রীদের ১৫৭ টি কক্ষ, একটি ডাইনিং কক্ষ, একটি ক্যান্টিন কক্ষ, একটি লাইব্রেরী, একটি কমন রুম আছে।